Slovenske železnice so kot upravljavec odgovorne za varno delovanje železniškega sistema in nadzorovanje tveganja. Vodenje železniškega prometa izvaja ukrepe za nadzorovanje tveganja zaradi uveljavljanja predpisov in standardov na področju varnosti v železniškem prometu. Vzpostavljen je sistem varnega upravljanja svoje dejavnosti tako, da se zagotovi doseganje skupnih varnostnih ciljev (SVC) za celotni železniški sistem. Sistem varnega upravljanja je skladen z nacionalnimi varnostnimi predpisi, varnostnimi zahtevami iz Tehničnih specifikacij interoperabilnosti (TSI) ter skupnimi varnostnimi metodami (SVM).
Sistem varnega upravljanja vsebuje elemente iz Direktive 2004/49/ES, prilagojene značilnostim, obsegu in drugim pogojem za opravljanje svoje temeljne dejavnosti vodenja železniškega prometa. Ta sistem zagotavlja kontrolo vseh tveganj, povezanih s temeljno dejavnostjo, pri čemer so upoštevana tudi tveganja, povezana z delovanjem tretjih oseb.
Sistem varnega upravljanja upošteva učinke dejavnosti različnih prevoznikov na omrežju prog, zato vsebuje določbe, ki vsem prevoznikom v železniškem prometu omogočajo izvajanje dejavnosti v skladu s TSI in nacionalnimi varnostnimi predpisi ter s pogoji iz njihovega varnostnega spričevala.
Varnostno politiko določa in predpisuje vodstvo Slovenskih železnic, d. o. o., za izvajanje varnostne politike upravljavca z notranjim nadzorom pa je pooblaščena posebna organizacijska enota upravljavca.
Pri izvajanju prometa vlakov je temelj varnosti urejen, reden in varen promet vlakov v skladu z voznim redom omrežja. Z voznim redom omrežja, ki je temeljni tehnološki načrt upravljavca, so vnaprej dogovorjeni postopki in naloge pri sestavi in razstavi ter vožnji vlakov posameznih prevoznikov in zagotovljen čas za izvedbo načrtovanih storitev.